Zur kurzfristigen Eliminierung der Verkeimung kann es hilfreich sein, das gesamte System zu spülen. Dabei lassen sich zwei Arten von Spülungen unterscheiden, wobei jede für sich die entsprechenden Vor- und Nachteile aufweist.

1. Thermische Spülung
Eine Spülung mit Heisswasser lässt sich oftmals kurzfristig durchführen. Dabei ist zu beachten, dass jede Zapfstelle während 5 Minuten mit mindestens 70 °C heissem Wasser gespült wird. Am entferntesten Leitungspunkt – oftmals ist dies die Zirkulationsleitung – muss die minimale Temperatur von 70 °C zwingend eingehalten werden. Oft kann der vorhandene Wassererwärmer die nötige Temperatur mit dem entsprechenden Durchsatzvolumen nicht bereitstellen. Bei sehr grossen Leitungslängen ist es sehr schwierig, die Temperatur am entferntesten Punkt einzuhalten. Die Erfolgsaussichten einer thermischen Spülung sind damit geringer als bei einer chemischen Desinfektion.

2. Chemische Spülung
Bei einer chemischen Desinfektion wird das gesamte System mit der entsprechenden Lösung durchgespült. Dabei muss die Desinfektionslösung an jeder Zapfstelle überprüft werden. Um die Bewohner:innen nicht zu gefährden, müssen alle Wasserbezugspunkte blockiert werden, um ein unbeabsichtigtes Benutzen während der Spülung zu verhindern. Anschliessend muss das gesamte System einwandfrei neutralisiert und nachgespült werden, bevor es den Benutzern wieder übergeben werden kann. Der Nachteil einer chemischen Spülung liegt sowohl im höheren Aufwand gegenüber einer thermischen Desinfektion, als auch in der korrosiven Eigenschaften je nach Wahl des Desinfektionsmittels. Die Erfolgsaussichten zur Eliminierung der Legionellen-Verkeimung ist bei einer chemischen Spülung jedoch weitaus höher als bei einer thermischen.

Durch eine Aufbereitung des Wassers resp. Zudosierung eines Desinfektionsmittels kann die Keimzahl eingedämmt oder ganz eliminiert werden. Dabei gilt es, die jeweils sinnvollste Variante der verschiedenen Apparaturen, Desinfektionsmittel und Verfahren zu eruieren. Eine Aufbereitung sollte nur als letzte Möglichkeit in Betracht gezogen werden, da diese Variante dauerhaft im System verbleibt. Wenn die vorangegangenen Massnahmen wie Spülung, Temperaturschock, Vermeidung von Stagnation etc. keinen Erfolg gezeigt haben, bleibt oftmals jedoch kein anderer Ausweg.

Durch Sterilfilter, z. B. spezielle Duschbrausen, können die Bakterien zurückgehalten werden. Diese Variante eignet sich jedoch nur für kurzfristige Überbrückungen oder in Hochrisiko-Gebäuden wie Spitälern oder Pflegeheimen, da diese Produkte sehr kostenintensiv und zeitlich nur beschränkt einsetzbar sind.